منابع بخش مرجع شامل کتاب‌های مرجع فارسی و لاتین (دایرة‌المعارف‌ها، واژه‌نامه‌ها، کتابشناسی‌ها، راهنماها، اطلس‌ها، نقشه‌ها، سالنامه‌ها، سرگذشت‌نامه‌ها و کتاب‌های نفیس) است. منابع این بخش به صورت قفسه باز اداره می‌شود. این منابع فقط در بخش مرجع کتابخانۀ مرکزی و مرکز اسناد مورد استفاده مراجعان قرار می‌گیرند و تنها در صورت نیاز و ضرورت، صفحات و موارد موردنیاز تکثیر شده و در اختیار مراجعه‌کنندگان قرار می‌گیرد. سیستم رده‌بندی کتابخانه، رده‌بندی کنگره آمریکا (LCC)  است. گفتگوی آنلاین با کاربران در بخش میز مرجع الکترونیکی، از دیگر خدمات این بخش است.