یکی از بخش ها مهم کتابخانه مرکزی و مرکز اسناد، بخش خدمات مرجع الکترونیکی است. کتابخانۀ مرکزی و مرکز اسناد به منظور تأمین نیازهای اطلاعاتی جامعۀ فرهیختۀ دانشگاه به مجموعۀ خود اکتفا ننموده و دسترسی به پایگاه‌های اطلاعاتی معتبر داخلی (مانند مگیران، سیویلیکا، نورمگز و ...) و بین‌المللی (مانند Ebsco ،ProQuest ،Sage ،SciencDirect و ...) را امکان‌پذیر ساخته و علاوه بر موارد زکر شده، امکان دسترسی به پایگاه اطلاعاتی مگاپیپر و همچنین زدنی(zednee) از طریق سایت کتابخانه مرکزی فراهم شده است. در بخش خدمات مرجع الکترونیکی امکانات موردنیاز به منظور دسترسی به پایگاه‌های اطلاعاتی مذکور و کتابخانۀ دیجیتالی وجود دارد؛ همچنین آموزش‌ها و راهنمائی‌هایی لازم به مراجعه‌کنندگان در استفاده بهتر از پایگاه‌های اطلاعاتی و کتابخانۀ دیجیتالی ارائه می‌شود. مدتی است که سایت مرکزی دانشگاه علامه طباطبایی نیز به بخش خدمات مرجع الکترونیکی منتقل شده و دانشجویان می توانند برای انجام کارهای تحقیقاتی و غیر تحقیقاتی نیز از این بخش استفاده نمایند. از دیگر خدمات این بخش،  گفتگوی آنلاین با کاربران در بخش میز مرجع الکترونیکی است.